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Physiologie de l’adaptation à l’environnement et protéomique fonctionnelle

Dernière mise à jour : jeudi 19 janvier 2012, par Kévin JEANPERT

Contact : Fabrice BERTILE

Contexte biologique. La biodiversité offre un large panel de situations physiologiques que l’on peut qualifier d’extrêmes. Confronté à de telles situations, l’homme risquerait de développer des pathologies (type obésité ou diabète par exemple) alors que des animaux s’y sont, eux, parfaitement adaptés au cours de l’évolution.
Les projets que nous développons correspondent à des questionnements biologiques indépendants, mais largement axés sur les réponses et adaptations métaboliques des organismes, tissus et cellules à des situations extrêmes.
Les modèles d’études sont très diversifiés, depuis la culture cellulaire jusqu’aux animaux dans leur milieu naturel, en passant par l’homme et les animaux de laboratoire.

Méthodologies et Stratégies d’analyse. Les méthodologies protéomiques, pourvu qu’on les adapte, sont à même d’apporter des réponses à toutes ces problématiques. L’identification de protéines inusuelles dans des situations physiologiques elles‐mêmes inusuelles (ou « extrêmes ») apportent des éléments nouveaux dans le cadre des annotations génomiques et donc en génomique fonctionnelle, tout en apportant bien sûr des informations nouvelles en écophysiologie et en physiologie.

Les développements méthodologiques nécessaires à la réalisation de ces projets permettent d’améliorer la sensibilité en protéomique (e.g. fractionnements, 2D-LC), de quantifier de façon simultanée (comptage des spectres, 2D-DIGE, LC-SRM) des centaines/milliers de protéines en incluant les modifications structurales (isoformes, variants d’épissage, modifications post-traductionnelles).

Les développements bio-informatiques réalisés au laboratoire sont mis à la disposition de la communauté (msda.unistra.fr). Outre le traitement des données de spectrométrie de masse, ces développements permettent de trier automatiquement toutes les protéines identifiées, par exemple selon leurs fonctions biologiques. Cette organisation des données permet un gain de temps important dans leur interprétation qui de plus va plus loin, jusqu’à la création de réseaux métaboliques spécifiques d’une situation donnée.
Au sein de l’IPHC, l’infrastructure nationale protéomique (Proteomics French Infrastructure ; ProFI) supportera les développements nécessaires à la réalisation de ces projets.