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Nouvelles approches bioinformatiques pour la protéomique

Dernière mise à jour : lundi 16 janvier 2012, par Kévin JEANPERT

Les progrès instrumentaux en spectrométrie de masse (MS) de ces 20 dernières années ont conduit au développement d’instruments générant des données MS/MS de plus en plus volumineuses (du fait d’une grande rapidité d’acquisition des spectres de fragmentation). Par ailleurs, les algorithmes d’interprétation de données MS/MS les plus utilisés ont été développés il y a plus de 10 ans pour la plupart et ne tirent donc pas plein avantage des dernières améliorations de performances instrumentales. Enfin, la publication des résultats d’identification de protéines à partir de ces données MS/MS est de plus en plus réglementée par les journaux du domaine qui recommandent l’utilisation d’algorithmes transparents (open-source) et multiples si possible.
Tout cela a conduit au récent constat que la bioinformatique constitue un verrou majeur de l’analyse protéomique : les besoins sont importants à la fois en puissance de calcul mais aussi en approches algorithmiques innovantes intégrant pleinement les dernières avancées instrumentales.
Pour lever ces verrous, une suite logicielle bâtie sur des logiciels libres a été adaptée et améliorée sur une grille de calcul à l’IPHC et est accessible sur le site : msda.unistra.fr