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Analyse Protéomique : développements méthodologiques et applications

Dernière mise à jour : vendredi 29 juin 2012, par Kévin JEANPERT

Pour atteindre notre objectif à long terme de détermination structurale des protéines et de leurs complexes avec toute la précision habituellement demandée en chimie, c’est-à-dire sans aucune ambiguïté structurale jusqu’au dernier atome, nous développons plusieurs aspects de la spectrométrie de masse, qui reste notre cœur de métier.
Nos recherches ont pour but de développer un ensemble des nouvelles méthodologies sur les points suivants :

  • en réactivité chimique des protéines (marquages spécifiques ,N-terminomes, dégradomes. quantification relatives, …), pour améliorer l’ionisation et la détection des ions moléculaires
  • en séparation sur micro- ou nano-chromatographie (détection des protéines mineures, des isoformes,…) pour augmenter le nombre de protéines identifiées, y compris leurs isoformes à partir d’extrait protéiques de plus en plus complexes, mais aussi d’identifier d’augmenter pour chaque protéine identifiée la couverture de séquence
  • en séparation par mobilité ionique en phase gazeuse pour apporter une dimension supplémentaire de séparation dans les expériences de LC-MS/MS, et donc d’augmenter le nombre de peptides de digestion sur lesquels des informations de fragmentation seront obtenus
  • au niveau de l’acquisition des données (optimisation des séquences d’acquisition des spectres, quantification simultanée de nombreuses protéines par SRM, …)
  • en bioinformatique (nouveaux algorithmes pour l’exploitation des données MS/MS, calcul partagé permettant les analyses à très haut débit, quantification sans marquage, …)

    Ces nouvelles méthodologies sont directement appliquées dans des programmes pour des études de protéomique ou de complexomique, mais aussi pour des études de biologie fondamentale ainsi que pour le développement de protéines utilisées comme médicament en collaboration avec plusieurs laboratoires pharmaceutiques avec lesquels nous avons des collaborations à long terme .